В центре сюжета — действие «Киотской версии» происходит через несколько месяцев после того, как Кеншин присоединяется к Камия Додзё. Сисио Макото планирует завоевать Японию, уничтожив правительство Мэйдзи, начиная с Киото. Чувствуя, что на его друзей могут напасть, Кеншин идет на встречу с Шишио в одиночку, чтобы победить его. но многие из его друзей, в том числе молодой Онивабансю по имени Макимачи Мисао, решают помочь ему в борьбе